Rilevamento multiplex e identificazione di cariche virali, batteriche, e di agenti patogeni protozoi nel sangue e nel plasma umano utilizzando una piattaforma microarray resequencing patogeno ad alta densità

L’attuazione dei test a base di acido nucleico per lo screening del donatore di sangue ha migliorato la sicurezza della fornitura di sangue; tuttavia, il crescente numero di prove di patogeni emergenti è rilevante. Lo sviluppo di piattaforme di test multiplex che permettono lo screening simultaneo di diversi agenti patogeni è una possibile soluzione.

Il resequencing microarray TessArray è una piattaforma che permette la rilevazione multiplex e l’identificazione di 97 diversi agenti patogeni in un singolo test. L’obiettivo è stato quello di valutare la concentrazione più bassa rilevata nel sangue o plasma, la discriminazione delle specie, e l’applicabilità della piattaforma microarray TessArray per testare i donatori di sangue.  Il sangue o il plasma addizionati con agenti patogeni selezionati (10.000, 1000, o 100 cellule o copie / ml), di cui tre virale, batterica quattro, e quattro agenti patogeni protozoi sono stati  testati su questa piattaforma. Gli acidi nucleici sono stati estratti, amplificati utilizzando set multiplex di primer specifici pool, frammentati, etichettati, e ibridati ad un microarray. Infine, le sequenze sono state identificate usando un algoritmo di allineamento del database genomico automatizzato.

Le prestazioni di questa piattaforma hanno dimostrato di rilevare con alta sensibilità batteri patogeni e protozoi di 100 cellule/ml e agenti patogeni virali a partire da 100 copie/mL.

CONCLUSIONE:

Questi risultati indicano che la piattaforma microarray TessArray potrebbe essere impiegata per il rilevamento e l’identificazione multiplex, con un elevato livello di potere discriminante per numerosi patogeni ematici che potrebbero inficiare la sicurezza del sangue.


Transfusion. 2016 Jun;56(6 Pt 2):1537-47. doi: 10.1111/trf.13524. Epub 2016 Mar 2.

Multiplex detection and identification of viral, bacterial, and protozoan pathogens in human blood and plasma using a high-density resequencing pathogen microarray platform.

Kourout M1, Fisher C1, Purkayastha A2, Tibbetts C2, Winkelman V3, Williamson P3, Nakhasi HL1, Duncan R1.

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